En 1886, la Ve Section des Sciences Religieuses de l’EPHE est fondée. La bibliothèque initiale se compose principalement d'ouvrages de référence, d'Annuaires de l'EPHE, de travaux éditoriaux et doctoraux de la Section, ainsi que de dons et legs (notamment celui de Paul Alphandéry). À l'origine, elle est située dans la Sorbonne, à Paris (Escalier E, 5e arrondissement).
À partir de 1998, la bibliothèque connaît un enrichissement significatif grâce à des acquisitions majeures. Elle déménage d'abord avenue du Général Leclerc, dans le 14e arrondissement, puis rue de Lille, dans le 7e arrondissement.
En 2013, la bibliothèque est transférée au Collège Sainte-Barbe, où le Service Commun de la Documentation, des Bibliothèques et des Archives (SCDBA) est créé, après l’intégration des archives de l’École. Localisées au 4 rue Valette, dans le 5e arrondissement, les archives y restent jusqu'en 2019, avant leur transfert à l'humathèque du Campus Condorcet. À leur arrivée, elles sont reconditionnées et traitées par le service des archives.