L'inventaire se divise en plusieurs sections thématiques, chacune correspondant à des documents spécifiques relatifs aux activités de Jean Jolivet.
Plan de classement : 1. Courriers reçus entre 1964 et 2007 ; 2. Directeur d’équipe ; 3. Directeur d'études ; 4. Édition ; 5. Manifestation scientifique ; 6. Échanges culturels avec l'Association Pierre Abélard ; 7. Bibliothèque de Jean Jolivet.
2. Directeur d’équipe (10 ARCH 2 à 3) : ce groupe de dossiers porte sur la période où Jean Jolivet a dirigé une équipe de recherche sur l’histoire des sciences et de la philosophie arabes au CNRS/EPHE (1976-1992). Les documents incluent des correspondances liées à des événements scientifiques et des conseils donnés dans le cadre d'un différend professionnel (accusation de plagiat). Des restrictions d'accès de 50 ans s'appliquent pour les documents comportant des jugements personnels.
3. Directeur d'études (10 ARCH 4 à 15) : cette section regroupe des dossiers relatifs aux recherches et à l'enseignement de Jolivet, notamment sur des thèmes de philosophie médiévale et arabe. Elle contient :
- Recherche (10 ARCH 4 à 13) : notes de lecture, carnets, études sur divers philosophes (Abélard, Al-Kindi, Bernard de Chartres, etc.), et sujets de classification des sciences, de dialectique, et de théories linguistiques médiévales.
- Enseignement (10 ARCH 14 à 15) : documents concernant le suivi scolaire (notes, attestations, programme) et des échanges académiques, avec des restrictions d’accès liées au secret médical.
4. Édition (10 ARCH 16 à 18) : cette partie inclut des correspondances et des documents liés aux activités éditoriales de Jolivet, comme la relecture pour des pairs, la publication de ses propres ouvrages, et l’intermédiation pour d’autres auteurs, couvrant la période de 1975 à 2010. On y trouve aussi des contrats d’auteur et de traduction.
5. Manifestations scientifiques (10 ARCH 19 à 20) : ces dossiers documentent la participation de Jolivet à des congrès, colloques, journées d’hommage et autres événements scientifiques entre 1989 et 2009. Ils incluent des correspondances, programmes, et notes de conférences, avec une restriction d’accès de 50 ans sur les documents sensibles.
6. Échanges culturels avec l'Association Pierre Abélard (10 ARCH 21) : cette section est consacrée aux échanges entre Jean Jolivet et l'Association culturelle Pierre Abélard, incluant des documents sur la cérémonie de remise des restes de Pierre Abélard, avec des correspondances et des notes de 2000 et 2006.