Le fonds a fait l'objet d'un récolement sommaire avant son traitement, qui a permis de faire des regroupements thématiques et chronologiques des articles. Au sein d'un même dossier, les différentes activités du laboratoire telles que sa gestion administrative, financière et ses activités scientifiques et documentaires ont été distinguées. Les subdivisions de la première section « Administration du laboratoire », à savoir gestion, finances et ressources humaines, rendent compte de cette réorganisation thématique. Les dossiers nominatifs des chercheurs et vacataires ont ainsi été rassemblés sous les cotes EHESS 304EHE 18 à 20 et 37, et classés par ordre alphabétique. Les demandes de subventions concernant les projets de recherche ont été dissociées de celles destinées à la bibliothèque ; les premières se trouvent désormais sous les cotes EHESS 304EHE 9 à 14 et les secondes sous les cotes EHESS 304EHE 42 à 45.
Les doubles, les factures et bons de commandes ont été éliminés, ainsi que les exemplaires des revues Économie et politique du Japon contemporain et Sciences sociales du Japon contemporain, conservées à l'Humathèque Condorcet.
