Le fonds est organisé en séries thématiques, reflétant les activités du CNR de sa création jusqu'à la moitié des années 1950 et les commissions créées en son sein :
- 1. Activités du CNR (boîtes 1 à 10) :
contiennent les papiers relatifs à l'organisation du CNR et aux activités prises en charge directement par lui : textes officiels, listes des membres, discours, allocutions, comptes rendus de séances plénières, correspondance.
- 2. Commissions du CNR (boîtes 11 à 71) :
rassemble les documents des diverses commissions du CNR en charge de secteurs tels que la justice, l'éducation, la presse, l'agriculture, le ravitaillement, la reconstruction, la finance, les travaux publics, etc. Les pièces de la commission de la justice sont, de loin, les plus volumineuses et comportent de très nombreux dossiers nominatifs relatifs à l'épuration (boites 11 à 46).
- 3. États généraux de la Résistance (boîtes 72 à 116) :
contient des documents relatifs à la préparation et à la tenue des États généraux de la Renaissance française (mars 1944-juillet 1945), à Paris, du 10 au 14 juillet 1945 : mandats et composition des commissions de travail, comptes rendus, rapports des commissions, cahiers de doléances par départements.
- 4. Comités départementaux de libération (CDL) (boîtes 117 à 156) :
concerne l'activité des Comités départementaux de la Libération en liaison avec le CNR, qui jouait un rôle de coordination de ces organismes : Assemblée nationale des CDL (15-17 décembre 1944), Conférences nationales des présidents des CDL, rapports, motions, protestations, résolutions et vœux des CDL par départements.
- 5. Dossiers (boîtes 157 à 176) :
sont réunis les dossiers établis par le secrétariat du CNR. Ils traitent aussi bien de questions intéressant des particuliers, des entreprises, des institutions, des associations et des groupements politiques. Nous avons maintenu leur classement initial en quatre catégories : dossiers en instance, dossiers sans suite, dossiers terminés et dossiers spéciaux.
- 6. Correspondance (boîtes 177 à 189) :
contient la correspondance échangée entre le CNR et les ministères, les associations, les CDL et les Comités locaux de libération (CLL), les particuliers, etc.
- 7. Documentation (boîtes 190 à 199) :
regroupe, outre des coupures de presse, des imprimés divers (brochures, affiches, tracts), et des répertoires, deux collections de photographies, l'une sur les manifestations publiques et les commémorations organisées par le CNR à la Libération et l'autre sur les camps de concentration de la Seconde Guerre mondiale.
- 8. Papiers de Louis Saillant (boîte 200) :
contient des documents qui ne faisaient pas partie du fonds CNR initial, mais ont fait l'objet d'un don ultérieur. Retrouvés dans le bureau de Louis Saillant, à son domicile, ils ont trait essentiellement à ses activités au sein de la CGT et de la CGT et de la Fédération syndicale mondiale (FSM), certains de ces documents reçus « en vrac » et non datés n'ont pas pu être situés dans leur contexte de production.